慶余年原著中水底的秘密是太平別院湖底的禁忌之門。葉輕眉在給范閑的書信中提到了太平別院湖底存在著禁忌之門,這是一切秘密的最終所在。太平別院是葉輕眉一直居住的地方,也是慶帝、陳萍萍、范建等人年輕時的回憶之地。葉輕眉將最重要的秘密留在了太平別院湖底,而禁忌之門與范閑有關(guān),與他來到這個世界的身份有關(guān)。范閑是上個文明的實驗品,他的出現(xiàn)可能會打破當前的平衡,因此葉輕眉警告范閑不要打開禁忌之門。范閑是否決定揭開這個秘密,以及揭開后可能帶來的后果,是故事中的重要情節(jié)之一。